固始汗控制西藏以后，和格鲁派联合建立了甘丹颇章政权，在这个政权中，固始汗自己作为甘、青、康及卫藏地区的汗王，成为全藏族地区的统治者。他派遣了八个儿子率部驻扎青海，建立了以他为领袖的和硕特部根据地。命令以所征康区赋税供给青海部众，将卫藏赋税则供养达赖、班禅，使格鲁派寺院在经济上得到实惠。他本人及两个儿子则长期拥兵坐镇拉萨，在拉萨以北的达木地区（今当雄）驻扎重兵，起镇慑保护作用。从而在全藏区形成了蒙古汗王统治的局面。在甘丹颇章政权内，西藏地方的高级行政官吏和世俗贵族由固始汗任命封赐，其中官职最重要的就是第巴。至于卫藏地区的行政命令，必须经由固始汗盖印、发布执行，第巴只是副署盖印而已。
固始汗看到明朝气数已尽，在东北兴起的后金有统一天下的可能，所以他也积极寻求政治靠山，在占领青海之初，就遣使到盛京（今沈阳）朝见皇太极，开始了和后金的交往。还在入据西藏以前，他就与五世达赖喇嘛和班禅四世等和商议，并由四世班禅出面，争取到第悉藏巴等政教首领参加，联合派出了以伊拉古克三为首的代表团前往盛京。1642年，代表团一行始到盛京，皇太极出城亲迎，“率众拜天，行三跪九叩之礼”，表明了后金对争取蒙藏各部的重视。皇太极对代表团给予了优厚赏赐。次年，皇太极遣使随同伊拉古克三一行赴藏，分别致函赏赐固始汗、达赖、班禅及第悉藏巴等其它政教首领。
1644年（顺治元年），清朝定都北京后，与西藏地方的联系更加频频。翌年，固始汗派其子多尔济达赖巴图尔台吉到北京，上书顺治帝，表示对清政府的谕旨“无不奉命”。他还与五世达赖喇嘛共同遣使清朝“表贡方物”，受到清朝的赏赐。自此之后，蒙古和硕特部汗王与西藏地方宗教首领几乎年年必遣使莅京，通贡不绝，清朝也厚给回赐。为了进一步加强同中央政权的政治联系，固始汗还上书清朝，说：“达赖喇嘛功德甚大，请延至京师，令其讽诵经文，以资福佑。”同时他又积极鼓动劝说五世达赖喇嘛接受清朝的邀请。1652年（顺治九年）达赖喇嘛带领大批随从从起程，当年年底到达北京，顺治帝在北京南苑以田猎的形式，不拘礼节地迎迓会见了他，“赐坐，赐宴，待以殊礼。”另外还赏给金、银、大缎、珠宝、玉器等大量礼品。五世达赖喇嘛进呈了珊瑚、琥珀、青金石念珠、氆氇、马匹、羔皮等千件贡礼。达赖喇嘛留京两个月期间，应邀两次进皇宫参加了顺治帝专门为之举行的盛大国宴，还参加了一些满族亲王、蒙古汗王举行的宴会，先后进行了一系列的佛事活动。其中为专程自大漠南北、山西五台山赶到北京的蒙古科尔沁秉图王及汉族僧侣，为御前侍卫拉玛，为成百数千人讲经传授各种法戒，撰写启请、发愿、赞颂及祭祀祈文等等。接受的礼金、各类礼品、法器以及社会各阶层馈赠的不可胜数。清朝在北京专门修建了黄寺，供他住宿。1653年初，在达赖喇嘛返藏途中，顺治帝派官员赶到代噶（今内蒙凉城），赐给五世达赖喇嘛金册金印，封他为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛。”自此，清中央政府正式确认了达赖喇嘛在蒙藏地区的宗教领袖地位，历辈达赖喇嘛经过中央政府的册封遂成为制度。清政府在册封五世达赖喇嘛的同时，又派臣和五世达赖喇嘛一起去西藏，给固始汗赉送以汉、满、藏三体文字写成的金册金印，封固始汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，承认他的统治藏族地区的汗王的地位。清朝的支持对新建立的甘丹颇章政权的巩固起了重要的作用。
1654年固始汗去世，诸子争位，相持不下，汗位空悬四年之久。最后妥协解决，由达什巴图尔主持青海和硕特部，达延汗主持西藏政务。然而他们缺乏其长辈的威望和才能，而五世达赖喇嘛凭倚朝廷的支持，权力及威望日益增强。1658年固始汗任命的第巴索南饶丹去世，经过两年的协商，最终由五世达赖喇嘛任命他的亲信仲麦巴赤列嘉措出任第巴，任命第巴的权力从蒙古汗王转移到达赖喇嘛的手中。1662年四世班禅大师洛桑曲吉坚赞去世，西藏的政教权力进一步向达赖喇嘛集中，但是在军事上格鲁派仍然要依靠和硕特部的保护。1668年达延汗去世，汗位又空悬了3年，1671年才由达赖汗继位。五世达赖喇嘛在后期扶植仲麦巴赤列嘉措的侄子桑结嘉措掌权。1676年五世达赖喇嘛提名当时年仅24岁的桑结嘉措出任第巴，因时机尚未成熟，桑结嘉措谢绝这一任命，由达赖喇嘛的却本洛桑金巴担任，说好3年后让位。1679年达赖喇嘛再次提名，桑结嘉措就正式就任第巴职务。1682年五世达赖喇嘛去世，桑结嘉措为保持自己的地位，稳定局势，以扩建布达拉宫的工程尚未完工和与拉达克的战争正在进行为由，和少数亲信决定秘不发丧，“伪言达赖入定，居高阁不见人，凡事传达赖命行之”，继续以五世达赖喇嘛的名义掌政。桑结嘉措看到，必须依靠清朝中央政府的支持和敕封，自己才能名正言顺地统治西藏，因此他极力设法向清朝请求敕封，1694年（康熙三十三年），他借五世达赖喇嘛的名义，上奏朝廷说：“臣已年迈，国事大半第巴主之，乞请皇上给印封之，以为光宠。”康熙帝经过反复考虑，最后封给桑结嘉措“法王”称号，同时赐给“掌瓦赤喇怛喇达赖喇嘛教弘宣佛法王布忒达阿白迪之印”。为了防止自己的权力被和硕特汗剥夺，桑结嘉措还与新疆的准噶尔部首领噶尔丹接纳关系，利用准噶尔部和和硕特部的矛盾，牵制和硕特汗。在噶尔丹和清朝的斗争中，桑结嘉措用五世达赖喇嘛的名义为噶尔丹说话，遭到康熙皇帝的申斥。桑结嘉措还一手包办五世达赖喇嘛的转世灵童的寻访认定，于1685年秘密地选定在门域出生的仓央嘉措为五世达赖喇嘛的转世。直到1694年清朝打败噶尔丹，从准噶尔降人口中听到五世达赖喇嘛早已圆寂的消息，严辞责问，桑结嘉措才向清朝报告五世达赖喇嘛圆寂多年，其转世已经认定，在经过清朝同意后，1697年将仓央嘉措接到后藏浪卡子宗，由五世班禅为其剃度授戒，随后迎接到布达拉宫坐床。
在五世达赖喇嘛去世后，西藏的蒙藏统治集团的矛盾一直在逐渐加深，桑结嘉措依靠政治权谋和手腕来保持和巩固自己的地位，无助于问题的解决，在清朝和准噶尔部的斗争中，桑结嘉措逆历史潮流而动，错误地支持准噶尔部的噶尔丹，与清朝也有矛盾。1701年达赖汗去世，拉藏汗继位。自拉藏汗上台后，桑结嘉措与他的关系很快就紧张起来。1703年，双方的部下在拉萨争斗，经三大寺高僧调解，矛盾暂时得到缓和。桑结嘉措辞去第巴之职，由他的儿子卓萨继任，拉藏汗到当雄居住。但这种妥协很难维持长久，1705年第巴·桑结嘉措集结各地兵力到拉萨，与拉藏汗再次爆发了武装冲突，拉藏汗从当雄兵分三路反攻，在澎波决战，桑结嘉措兵败后被擒杀。拉藏汗进入拉萨后，随即派人到朝廷，报告事变的经过，并奏称仓央嘉措是假达赖喇嘛，平日耽于酒色，不守清规，请予以废黜。康熙皇帝认可了拉藏汗的行动，派护军统领席柱、学士舒兰为使，到西藏封拉藏汗为“翊法恭顺汗”。同时下令“拘假达赖喇嘛”及桑结嘉措妻子解京。仓央嘉措在解往北京的途中，“行至西宁口外病故”，年仅二十四岁。拉藏汗另找了一个格鲁派僧人意希嘉措，立为达赖喇嘛，清朝在派人带领青海蒙古诸台吉的代表进藏询问五世班禅后，于1707年批准意希嘉措为六世达赖喇嘛，1709年派人进藏册封，并赐给金印，由五世班禅主持，在布达拉宫举行坐床。
但是，拉藏汗废立达赖喇嘛的举措却引发了新的矛盾。三大寺的一些僧人和在青海的和硕特部的部分不满拉藏汗的贵族首领不愿承认意希嘉措，把仓央嘉措的一首著名诗歌“天空洁白的仙鹤，请它双翅借给我，不会远走高飞，到理塘转转就回”作为预言，秘密地派人地康区理塘寻访，终于找到了1708年出生于的格桑嘉措，作为仓央嘉措的转世，转移至康区北部的德格地方加以保护，清朝对此难以处理，下令将格桑嘉措送到塔尔寺居住。拉藏汗和青海蒙古首领的不和，引起康熙皇帝的担忧，于1709年又派遣了侍郎赫寿到西藏“协同拉藏办理西藏事务”。西藏的这种混乱的政治局势果然被准噶尔部的策妄阿拉布坦所利用，他先是将女儿嫁给拉藏汗的儿子，以联姻迷惑拉藏汗，然后在1717年以护送女儿、女婿的名义选派精兵长途奔袭，突击西藏。同时还派遣一小股军队去塔尔寺，企图劫持格桑嘉措，以号召人心。当准噶尔军到达藏北草原时，拉藏汗才发现形势不对，匆忙召集人马抵御。尽管准噶尔派去塔尔寺的军队被清军击溃，但是到藏北的准噶尔军仍宣传他们已经接到了真正的达赖喇嘛，将送到拉萨来，以此涣散拉藏汗的军心。拉藏汗在战争胜败难定的情况下，就仓促撤回拉萨城，想坚守拉萨，等待清朝派兵救援。但是准噶尔军得到那些不满拉藏汗的僧俗人众的配合，拉萨城很快被攻破，拉藏汗逃进布达拉宫，不久在突围时被杀死。准噶尔军废黜意希嘉措，自己委派官员，向僧俗勒索财物，对不服从的寺院和地方则派兵烧杀抢劫使曲科杰寺、敏珠林寺等著名寺院遭到严重破坏。一些原来对准噶尔军抱有期望的人也大失所望。清朝在1718年派西安将军额仑特率兵数千进藏，因情况不明，准备不足，在藏北草原被准噶尔军围困，粮食断绝，全军覆没。消息传来，清朝朝野震动，康熙皇帝看到如果任由西藏被准噶尔军占据，西南、西北各省都不得安宁，力排众议，在1720年再次出兵，以皇十四子允题为大将军，指挥清军和青海蒙古首领的军队一起进藏，驱除准噶尔军，同时承认格桑嘉措为封格桑嘉措为“弘传觉众第六世达赖喇嘛”，并护送送格桑嘉措到拉萨坐床。这时拉藏汗的旧部康济鼐和颇罗鼐等人也在后藏起兵，占据阿里和后藏的一些地方，截断在西藏的准噶尔军和新疆的联系，前藏的贵族阿尔布巴、扎尔鼐等人积极和清军联系，配合清军进兵。准噶尔军在清军大兵压境的情况下，稍作抵抗后就仓皇逃跑，出兵时的七千精兵，逃回准噶尔的不到一千人。
清朝在驱除准噶尔军以后，没有让青海蒙古首领统治西藏，而是建立了清朝对西藏的直接统治，从西藏贵族中任命几名噶伦掌政，以康济鼐为总理西藏政务的噶伦。但是掌政的噶伦之间很快就发生矛盾，1727年，噶伦阿尔布巴、隆布鼐、扎尔鼐等人为争权夺利，煽起内讧，戕杀康济鼐，并派人去后藏捉拿颇罗鼐。颇罗鼐闻讯，立即意识到这是背离中央政府旨意的一次阴谋。于是在火速奏报朝廷的同时，毅然再次于后藏起兵，联合康济鼐之兄阿里总管噶西鼐等，率后藏及阿里精兵数千人，向阿尔布巴等人宣战。双方在江孜交战半年多，颇罗鼐攻入拉萨，在三大寺僧众的帮助下，擒获了阿尔布巴等人，奏请清廷处置。此时清朝派遣的大军抵达拉萨，经共同审核事实，将阿尔布巴等人处斩。清廷肯定了颇罗鼐的功绩，封他为贝子，任命他为首席噶伦，后来又晋封为郡王，由他领导西藏地方的行政。颇罗鼐之下清朝还任命噶西巴·纳木扎勒色布腾和策仁旺杰两位噶伦，但地方大权由颇罗鼐一人总揽。为防止准噶尔军再次侵扰和集中西藏的事权，1728年雍正皇帝下令把七世达赖喇嘛移到四川泰宁的惠远庙居住，还命七世达赖喇嘛之父索南达结进京，封他为“辅国公”，以防止防止他干预藏政，这是达赖喇嘛的亲属受中央封以爵位的开始。直到1735年准噶尔部的威胁解除，雍正皇帝派副都统福寿和章嘉国师若必多吉护送达赖喇嘛返回拉萨。清朝还于1727年设立驻藏大臣，在拉萨设立了驻藏办事大臣衙门，直接监督地方政权，留驻藏清军二千人，归驻藏大臣指挥。通常驻藏大臣为两人，一为办事大臣，一为帮办大臣，一方面可以商议办事，另一方面分别替换，始终保持有一个比较熟悉情况的大臣住在西藏。另外清朝还划定了西藏和青海、四川、云南的地界，确定西藏的行政范围。
颇罗鼐为医治战争创伤，安定社会秩序，解决生产凋敝、民不聊生、经济拮据的困窘，增强地方自身的防御作战能力等，做了许多有益的事情。颇罗鼐在清朝驻藏军队的指导下，在拉萨北郊兴建了扎什兵营，分期操练了由骑兵一万人、步兵一万五千人组成的藏军。自此，西藏有了一支兵械较齐备，且训练有素的军队，于西藏通往准部各条道路上“严设卡伦，准噶尔自是不敢窥藏”。维护了西藏边境之安宁。他还整顿驿站，保证政令文书的传递。他按照乾隆皇帝的安排接待准噶尔部经清朝批准派来的熬茶礼佛的使团，受到清朝的嘉奖。1747年颇罗鼐去世，其子珠尔墨特那木扎勒袭封郡王，总管全藏事务。然而他上台后，专横跋扈，结党营私，杀害其驻守阿里的兄长，又与达赖喇嘛不和，敌视驻藏大臣，阻断驿传军书，还设法和准噶尔部联络，争取准噶尔部作外援。由于驻藏清军大部分已在1733年撤回内地，拉萨形势非常危急。1751年驻藏大臣傅清、拉布敦抢先将珠尔墨特那木扎勒诱杀，他们自己被珠尔墨特那木扎勒的党羽杀害，驻藏大臣衙署被焚毁，钱财被洗劫一空。史称珠尔墨特那木扎勒之乱。事件发生后，七世达赖喇嘛即命公班智达代理政务，将杀害驻藏大臣的凶手捕获，安定拉萨局势，等待清朝派员进藏处理。清朝所派的四川总督策楞带兵入藏后，经过调查研究，提出了“酌定西藏善后章程”十三条，乾隆帝深刻地反省了过去珠尔默特那木扎勒之所以敢怀逆志谋反，就是因为西藏“地广、兵强、事权专一”，“噶伦事务于事权极有关系。”所以清政府为一劳永逸之计，决定以此次平乱后措置转关为契机，改革西藏地方政制，废除郡王独理专擅西藏政务的制度，规定由达赖喇嘛领导噶厦掌管西藏的西藏，分权于一僧三俗的四位噶伦手中，这时僧人出任噶伦的开始。噶伦之间地位平等，遇事秉承驻藏大臣和达赖喇嘛的指示，共同处理地方各项事务，不得独断专行。同时由驻藏大臣监督管理。还把原属珠尔墨特那木扎勒管辖的藏北三十九族和达木（当雄）蒙古划归驻藏大臣直接管理。
七世达赖喇嘛掌政不久，在1757年圆寂，清朝派章嘉呼图克图进藏，主持寻访达赖喇嘛转世的事务，同时任命第穆活佛为摄政（丹吉林），代理达赖喇嘛管理西藏事务。这是摄政制度的开始。经六世班禅参与，认定了八世达赖喇嘛强白嘉措（1758－1804）。1777年第穆活佛去世，清朝派当时在北京雍和宫任堪布的策墨林活佛（策墨林）进藏担任摄政。这种达赖喇嘛、驻藏大臣、摄政共同掌管政务的体制在这一时期建立起来。1779年清朝迎请六世班禅进京，1780年8月六世班禅抵达热河，参加为乾隆皇帝祝贺七十大寿的活动，然后到北京。10月底六世班禅因病在北京黄寺圆寂。1784年八世达赖喇嘛亲政，1786年因章嘉国师若必多吉去世，清朝召策墨林活佛回京，命济咙呼图克图协助达赖喇嘛办理政务。
1788年发生了廓尔喀侵扰后藏的事件。历史上的尼泊尔，是指分布在加德满都谷地巴勒布人生活居住的阳布（即今加德满都）、库库穆、叶楞三部，藏语称之为巴勒布。1768年，本属尼泊尔部落之一的廓尔喀人，乘巴勒布本国内讧之机，吞并了巴勒布三部，并迁都阳布。后藏与廓尔喀地域紧密相连，彼此间以物易物或钱货买卖，经济关系非常密切，不过双方贸易中也不时发生一些小的摩擦和结怨。1788年廓尔喀以钱币兑换问题和西藏地方“商税增额、食盐揉土”为借口，出动三千人马抢占了后藏边境的济咙、聂拉木、宗喀三处。乾隆皇帝命成都将军鄂辉、四川提督成德带兵火速驰援西藏剿办，又命理藩院侍郎巴忠以御前侍卫钦差大臣的官衔赴藏办事，与鄂辉、成德会商一切善后事宜。在巴忠抵藏之前，后藏仲巴呼图克图等先与廓尔喀私下进行和议，答应向廓尔喀赔款赎地。巴忠到拉萨后，一方面与鄂辉、成德会商，让红帽活佛檄谕廓尔喀投顺，退回所占聂拉木等三处地方，并立具甘结，永不犯藏界；另一方面，他又自遣使者与廓尔喀讲和。廓尔喀在得到一纸西藏每年向其赔款300个元宝的字据后，撤出了占领的后藏地方。巴忠等人隐瞒实情，向朝廷谎报“已将聂拉木、宗喀、济咙等地方次第收复”，“奏凯班师”。为廓尔喀第二次入侵西藏留下了祸根。1790年廓尔喀派人入藏讨取“赎地”银，达赖喇嘛和噶厦拒绝支付，遣使与之谈判，要求“撤回合同”，遭到廓尔喀拒绝。事情报告到朝廷，乾隆皇帝才知道巴忠报告的功劳都是假的。鉴于西藏形势危急，清朝派策墨林活佛再次进藏担任摄政，他到拉萨后只有几个月，就在1791年3月去世。清朝命八世济咙活佛（功德林）担任摄政。1791年7月廓尔喀廓尔喀以西藏方面爽约为由，悍然发动了第二次侵略西藏战争。在短短的十几天内迅速占领了聂拉木、定日、萨迦、济咙等宗。红帽活佛为报复其兄仲巴呼图克图不分六世班禅的遗产给他的私怨（红帽活佛是六世班禅和仲巴呼图克图的同母异父兄弟），竭力唆使廓尔喀兵抢劫扎寺。驻藏大臣保泰得悉事态，慌忙将七世班禅移往拉萨，幸免被俘。仲巴呼图克图携大量金银珠宝细软逃跑。其余济仲喇嘛、扎寺堪布并众僧等，在占卜师宣称“不可与贼作战”的诓骗下四下逃散，廓尔喀军洗劫了扎什伦布寺。只有驻守日喀则的都司徐南鹏率领的八十名清军，坚守日喀则宗堡，与敌交战，保住了城堡。消息传来，清廷大为震动，巴忠自知罪责难逃，投湖自杀。乾隆皇帝决定派遣福康安为大将军，超勇公海蓝察为参赞大臣，率领满、汉、蒙、回、达斡尔、鄂温克、鄂伦春等数个民族组成的一万七千余大军，分三路进藏讨伐。在西藏人民的支援下，1792年5月，清军收复全部失地，将廓尔喀军驱除，7月，清军势如破竹，长驱直入廓尔喀境内，打到距阳布二十里地方，廓尔喀派大头人前来投降，放回了被抓去的噶伦丹津班珠尔等人，交出了从前“贿和”的合同和服毒自杀（有说因病身亡）的沙玛尔巴骨殖及其妻子儿女仆人等，退还了所有抢去的扎什伦布寺的财物并班禅的金册等。乾隆皇帝考虑到当地节气较早，天气骤冷，若大雪封山，全体将士后果不堪设想。故指示福康安，接受廓尔喀的乞降禀贴及恭词请罪，令其签写“永不犯藏”之甘结，并定期纳贡。廓尔喀王接受了全部条件，还派人赴京呈进贡品多种。九月，福康安率大军自前线凯旋班师。
根据乾隆帝的指示，1792－1793年，大将军福康安与孙士毅、惠龄、驻藏大臣和琳等经过长期地酝酿，拟订了有关治理西藏各方面的章程，并报经中央政府核准颁布实施。其中，关于西藏地方政府遵行的部分，即著名的《钦定藏内善后章程》二十九条（藏文本）。
章程的要点是：1、行政人事权方面，规定驻藏大臣督办藏内事务，地位与达赖喇嘛、班禅平等。所有噶伦以下的首领及办事人员、管事僧人皆是隶属关系，事无大小，都得禀明服从驻藏大臣办理。噶伦、代本的任免升迁，由驻藏大臣会同达赖喇嘛拟写两份名单，呈报大皇帝选择任命。其余前藏大小文武官员由驻藏大臣和达赖喇嘛委任，发给满、汉、藏三种文字执照。后藏官员依照前藏之制，由驻藏大臣和班禅协商委任，发给执照。2、宗教监管权方面。设置“金奔巴瓶”，嗣后达赖喇嘛、班禅及藏区各地呼图克图“灵童”的认定，须由驻藏大臣监督主持，将其名字生辰年月，以满、汉、藏三种文字书于象牙签牌上，然后置于金瓶内当众掣出，报请中央政府正式批准。藏地各大寺院活佛人选，由达赖喇嘛、驻藏大臣及呼图克图认定，并发给盖有以上三人印章执照。青海蒙古王公迎请西藏活佛，须由西宁大臣行文驻藏大臣发给通行护照。赴外地朝佛僧侣，亦得领取护照，始得通行。如若私自前往，一经查出，惩处该管堪布及札萨等主管人员。达赖喇嘛所辖寺庙之活佛、喇嘛及全藏各呼图克图所属寨落人户，一律详造名册，于驻藏大臣衙门和达赖喇嘛喇嘛处各存一份。3、军事方面。设三千名正规军队，前后藏各驻一千名，江孜、定日各驻五百，兵员由全藏征调。所征兵员造册两份，各存驻藏大臣衙门及噶厦。代本、如本、甲本、定本由驻藏大臣并达赖喇嘛择选年经有为者充任，并发给执照。驻藏大臣每年分春秋两季出巡前后藏并检阅军队。军队粮饷由地方政府筹办，交驻藏大臣分春秋两季发给。军队所需弹药，由噶厦派人携带驻藏大臣衙门公文，赴工布地方制造下发。4、司法方面。对于一般案件的处理，“可以缘依旧规，但需分清罪行之大小轻重，秉公办理。”处罚犯人、没收财产等，必须登记，呈缴驻藏大臣衙门或报经驻藏大臣审批，始能处理。各地汉官、噶伦和宗本等，如有依仗权势，无端侵占别人财产，欺压或剥削人民事情，即可报告驻藏大臣予以查究。5、外事方面。外事集权于中央，一切西藏外事交涉权，统归驻藏大臣负责办理。西藏地方与外国行文，须以驻藏大臣为主与达赖喇嘛协商处理。廓尔喀人往见，其回文须按驻藏大臣指示缮写。边境重大事务，更要根据驻藏大臣指示处理。外藩所献贡物，给达赖喇嘛等人来文须呈驻藏大臣查阅，并代为酌定回书，交来人带回。所有噶伦不得私自向外藩通信，当外藩行文噶伦时，必须交驻藏大臣并达赖喇嘛审阅处理，不得私自回信。外国来藏商旅，必须登记、造具名册呈报驻藏大臣衙门，按其路线签发路证，并在江孜、定日两地派兵驻扎，检查路证。外人来拉萨者，须向边境宗本呈报，经沿途检查，将人数报驻藏大臣衙门批准。西藏到廓尔喀塑建佛像的人，也由驻藏大臣签发路证，限定日期返回。6、财税方面。由驻藏大臣设置专门机构铸造银币，统一货币成色和折算比价，不允许西藏流通邻国货币。西藏地方收支，统由驻藏大臣审核，每年春秋各上报朝廷一次。济咙、聂拉木两地抽收大米、食盐及各种物品之进口税，依原例办理。除非请示驻藏大臣同意，地方政府不得私自增加税额。地方税收、乌拉等各种差役平均负担，实有劳绩需要优待免除差税者，由达赖喇嘛并驻藏大臣协商发给免役执照。
《钦定藏内善后章程》是清朝中央政府总结元以来历代王朝对西藏治理的经验，为行使对西藏的完全主权而制定的一个重要的法律文献，它标志着清政府在西藏的施政达到了成熟和较完备的阶段。它的制定和实施，对于加强和发展中央与西藏地方的关系，密切祖国各民族之间的联系，巩固西南边防，防御外敌入侵，安定社会秩序，发展生产以及改善藏族人民的基本生活条件等，起到了良好的作用。
1804年八世达赖喇嘛圆寂后，清朝命济咙活佛继续摄政，1807年摄政及广大僧俗向驻藏大臣请求，说寻访到的在四川邓柯地方出生的灵童确系“第五世达赖喇嘛转世，请奏明皇上，免于金瓶掣签”，经驻藏大臣奏请，以皇帝批准免予金瓶掣签的方式，认定了九世达赖喇嘛隆多嘉措（1805－1815），并于1808年在布达拉宫坐床。1811年摄政济咙活佛去世，清朝任命八世第穆活佛任摄政。1815年九世达赖喇嘛圆寂，年仅十岁。1818年摄政等人仍通过驻藏大臣转奏，请求免予金瓶掣签认定他们在里塘寻访到的灵童为达赖喇嘛的转世，被嘉庆皇帝驳回，驻藏大臣也因此受到申斥。按嘉庆皇帝的命令，另外再寻访两名灵童，与里塘的灵童一起，在1822年举行金瓶掣签，认定了里塘出生的灵童为十世达赖喇嘛楚臣嘉措（1816－1837），并举行坐床典礼。因八世第穆活佛在1818年去世，清朝命出生于甘南在雍和宫任堪布的二世策墨林活佛出任摄政，所以此时的摄政是策墨林活佛。1830年，驻藏大臣兴科会同十世达赖喇嘛和摄政，派噶伦夏扎等人为清查人员，对各个宗溪的户口、差税、封地文书、免役执照等进行审核清查，编写成清册，呈报达赖喇嘛和驻藏大臣审批后，下发各宗溪遵照执行。这是清代西藏规模最大、最彻底的一次土地差税清查。1837年十世达赖喇嘛圆寂，由摄政策墨林活佛组织寻访转世灵童，并在1841年举行金瓶掣签认定了十一世达赖喇嘛凯珠嘉措（1838－1855），就在同一年，西藏军民还击败了得到英国殖民主义者支持的森巴军队对阿里的入侵。当时占据了拉达克地方的印度锡克族森巴人大头目倭色尔带兵侵占藏境，夺据达坝噶尔及杂仁、补仁三处营寨。驻藏大臣孟保先命噶伦才丹多吉和代本比喜领兵一千三百人往剿，后又派藏族官兵五百名兼程增援。翌年初，战斗结果为击毙包括倭色尔在内的森巴军官四十余人，歼灭敌兵二百余人，俘虏八百余人。拉达克头人及部落酋长纷纷献上兵器，达坝噶尔等地营寨及土地一千七百余里被收复，边境肃清。这是继反击廓尔喀两次入侵后，在驻藏大臣的主持下，取得的又一次军事胜利。
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